Что я установил:
* app-cdr/cuetools
Available versions: 1.3.1 ~1.3.1-r1
Installed versions: Version: 1.3.1
Date: 22:16:57 20.03.2011
Best versions/slot: 1.3.1
Homepage: http://developer.berlios.de/projects/cuetools/
Description: Utilities to manipulate and convert cue and toc files
License: GPL-2
vaio pascal # eix -ve shntool
* media-sound/shntool
Available versions: 3.0.8 ~3.0.10 ~3.0.10-r1 {alac flac mac shorten sox wavpack}
Installed versions: Version: 3.0.8
Date: 22:19:48 20.03.2011
USE: flac -shorten -sox -wavpack
Best versions/slot: 3.0.8
Homepage: http://shnutils.freeshell.org/shntool/
Description: shntool is a multi-purpose WAVE data processing and reporting utility
License: GPL-2после этого в bin таки не обнаружил cuetag
поиском он был найден в
/usr/share/doc/cuetools-1.3.1-r1/extras/cuetag.sh.bz2
после чего он был распакован в /usr/bin
при конвертации вылезло куча ошибок типа
2002: input file error
-: unknown format
-: input file errorв итоге я нашел некий патченый cuetag но он тоже отказался работать
поэтому все надо делать самому

$ cuebreakpoints "2002.cue" | shnsplit -o flac "2002.flac"
Splitting [2002.flac] (63:18.00) --> [split-track01.flac] (8:01.72) : 100% OK
Splitting [2002.flac] (63:18.00) --> [split-track02.flac] (7:14.73) : 100% OK
-----
$ cuetag.sh 2002.cue split-track0*.flaccuetag пропатчил сам посредством замены опций в 21 строке
METAFLAC="metaflac --remove-all-tags --import-tags-from=-"мой скрипт вышел несколько короче

#!/bin/sh
cuebreakpoints $1 | shnsplit -o flac $2
cuetag $1 split-track0*.flacИ обязательно убираем пробелы из названий cue и flac иначе ничего не выйдет
